L'AMA a été créée le 10 novembre 1999 comme organisation non gouvernementale indépendante, suite aux dispositions de la Déclaration de Lausanne sur le dopage dans le sport. L'Agence a son bureau principal à Montréal (Canada) et des bureaux régionaux à Lausanne (Suisse), Tokyo (Japon) et au Cap (Afrique du Sud).


* Financer la recherche scientifique en vue de mettre au point de nouvelles méthodes de détection
* Éduquer les sportifs par le biais du programme de sensibilisation
* Sensibiliser et dispenser une éducation antidopage aux athlètes, aux entraîneurs et aux administrateurs
* Surveiller la mise en place et l'application du Code mondial antidopage
* Réaliser des contrôles du dopage inopinés hors compétition auprès des athlètes de haut niveau
* Observer les programmes de contrôle du dopage et de gestion des résultats lors des grandes manifestations sportives
* Encourager la mise en place d'organisations nationales antidopage (ONAD) et de programmes antidopage

L'AMA est composée d'un Conseil de fondation, d'un Comité exécutif et de Comités de travail. Me Richard W. Pound préside le Conseil de Fondation et le Comité exécutif. David Howman est le directeur général de l'AMA.

Le Conseil de fondation, composé de 36 membres, est le principal organe décisionnaire de l'AMA. Il est composé à parts égales de représentants du Mouvement olympique et des gouvernements, tout comme le Comité exécutif, formé de 12 membres. Les Comités de travail de l'AMA ont un rôle consultatif et fournissent des conseils à l'AMA pour ses principaux programmes. Ces Comités sont:

- Comité Ethique & éducation
- Comité Finance & administration
- Comité Santé, médecine & recherche (et sous-comités)
- Comité des sportifs

Les deux premières années de financement de l'AMA (25 millions US$) ont été prises en charge par le Mouvement olympique. Depuis 2002, le financement de l'AMA provient à parts égales du Mouvement olympique et des gouvernements. Les gouvernements ont réitéré leur engagement (énoncé dans les statuts de l'AMA) de financer la moitié du budget de fonctionnement de l'Agence dans la Déclaration de Copenhague et dans le projet de texte final de la Convention internationale contre le dopage qui doit être présenté à la Conférence générale de l'UNESCO en octobre 2005.

La formule de répartition régionale du financement de l'AMA repose sur l'accord trouvé par les gouvernements lors de leur réunion au Cap, en 2001. Au sein de chaque région, les gouvernements s'accordent entre eux sur la part incombant à chacun.